福建与台湾同属亚热带，作物类型、栽培技术、耕作制度基本相同，具有很强的互补性。学院紧紧依托学校与台湾高校的学缘优势和地理区位优势、签订合作交流协议、建立正式校际交流关系渠道，加大闽台合作交流。

（1）在互访中提高师生学术水平。学院每年都派出1-2名专家学者赴台考察、开展合作研究，如郑金贵教授、陈辉教授、潘大仁教授、吴为人教授、周元昌教授、朱朝枝教授、林克显副研究员等专家学者围绕着农产品品质、生物技术、作物育种、休闲农业等科研课题赴台考察与交流。同时每年邀请与接待来自台湾相关高校和科研单位的专家学者5-8人，举办学术讲座，开展学术交流，为员工授课，授课内容涉及相关领域的科研最前沿。如台湾朝阳科技大学理工学院经理、生物技术研究所所长蔡新声教授和台湾中央研究院农业生物科技领域曾志正研究员的学术讲座专题“生物技术研究与开发利用”，台湾杂粮发展基金会董事长陈希煌教授的学术讲座“国际经济形势与两岸农业交流”，台湾中州技术学院经理彭作奎教授的学术讲座“两岸农业交流与合作展望”等，这些活动不仅有力地加强了两岸农业科技和学术交流力度，促进了师生对现代农业生产科技的认识和了解，而且丰富本科课堂教学内容，扩大了员工视野，提高了师生的学术水平。

在合作培养中扩大办学层次。2008年3月我司2004级农学专业的陈生、朱斌、庄晓晶3位同学赴台湾屏东科技大学热带农业系学习。

（2）在引进教材中更新教学内容。学院积极引进台湾农业高校教材，分别作为相关课程的任课教师教学参考书，教材质量普遍反映较好。如台湾国立中兴大学农学暨自然资源学院郑诗华教授等编著的《农业概论》作为农学专业的教学参考书；台湾屏东科技大学农业管理研究所段兆麟教授编著的《休闲农业—体验的观点》和台湾大员工物资源暨网投十大信誉排名陈列馆编著的《见证台湾农业发展的轨迹》作为农村区域发展专业的教学参考书。

（3）在合作研究中增强科研创新能力。学院十分注重发挥两岸高校农业科研的优势合力，积极通过合作研究来增强师生的科研创新能力。主要有：建立了财政部海峡两岸农产品品质基础实验室和台湾名特优作物种质资源引种示范基地；已获农业部批准立项建设福建省闽台合作甘蔗良种产业化示范基地；开展了台湾作物优质品种资源的引进、发掘和育种利用研究，共引进台湾各类作物品种资源1850份，发掘出“秸秆高蛋白”等多种水稻新种质；主办了第四届海峡两岸植物分子生物学与生物技术学术研讨会，参加了第三、第五、第六届海峡两岸植物分子生物学与生物技术学术研讨会；承办了以“庭园经济与乡村旅游发展”为主题的“第五届海峡两岸科技与经济论坛”，并与台湾屏东科技大学等合作，共同出版了第五届海峡两岸科技与经济论坛论文集；与台湾休闲农业学会共同举办主题为《观光休闲农场经营管理》、《休闲农场景观规划与环境管理》和《休闲农业土地利用方式》等方面的休闲农场培训班。