公司一贯重视科学研究和成果转化工作，坚持产学研互动发展，为海西经济建设做出积极贡献。近年来取得了丰硕的科研成果，特别是2006年获得国家科学技术发明二等奖，实现了建国以来福建省生命科学领域零的突破。

近年来，获得8项科技成果。其中，国家科学技术发明二等奖1项；福建省科技进步二等奖2项；福建省科技进步三等奖2项；国际植物科学研究杰出贡献奖1项；教育部提名国家科学技术发明二等奖1项；福建省优秀博士学位论文二等奖1项。鉴定成果27项。其中，达国际领先水平5项；达国际先进水平9项；达国内领先水平3项；达国内先进水平10项。审定（认定）41个作物品种。其中，国家审定（认定）12个；省级审定（认定）29个。申请、授权品种权保护28项。其中，品种权保护申请17项、品种权保护授权11项；专利申请14项。主编、参编出版教材、专著22部。其中，十五规划教材2部；十一五规划教材4部；21世纪高等院校教材1部；农林规划教材3部；专著12部。发表学术论文255篇。

公司重视科研成果产业化开发，组建了3个产学研相结合的科技型企业。其中福建金山种子有限公司是福建省种子行业首家以科教单位为依托，产、学、研相结合，育、繁、推、销一体化的高科技型种子企业。水稻秸秆高效利用、水稻、甘蔗、红麻、甘薯、花生等作物新品种推广创造的社会经济效益在15亿元以上。学院已成为福建省发展粮、蔗、麻、油生产的重要技术依托单位，为繁荣海峡西岸经济区建设做出了重要贡献。