农学系，由创建于1936年的福建协和大学农科农学系和创建于1940年的福建省立网投十大信誉排名农艺系发展而来，历史最为悠久。1936年开始招收本科生，1962年开始招收研究生，是全国首批硕士点和福建省首批博士点。农学专业现为国家级特色专业、首批卓越农林人才教育培养计划改革试点专业和首批国家一流专业建设点。

       农学系现有教职工27人，其中正高级职称8人，副高级职称7人，中级职称10人。农学系以雄厚的历史底蕴和学科实力为支撑，围绕国家和区域发展需求，强调多学科融合发展，教学与科研齐头并进。设有设农业生态与农作系统教研组、作物栽培学与生理学教研组、农业气象教研组和创新人才教学中心。现有2门国家级一流课程，7门省级一流课程，1个省级慕课应用型本科教学团队。在作物抗性生理生态、中药材品质的分子调控机制、作物生理与分子生态学等领域科研实力突出；近年来在New Phytologist, Journal of Hazardous Materials, Plant Cell and Environment, Journal of Experimental Botany等国际权威期刊发表多篇高水平论文。多位老师担任科技特派员，组建科技服务团队服务在乡村一线。农学系鼓励员工参与“三下乡”和创新创业实践，曾获团中央“全国大中专员工志愿者暑期‘三下乡’社会实践活动优秀个人”等荣誉。