公司农产品品质研究所成立于2003年3月，设有中央与地方共建海峡两岸农产品品质基础实验室、中央与地方共建两岸作物遗传育种实验室、福建省特种稻创新平台、福建省高校农业生物技术重点实验室，为国家重点（培育）学科、农业部重点学科、博士点——“作物遗传育种”学科和省重点学科、博士点——“生物化学与分子生物学”学科的依托单位之一。

本所现有教授、研究员5人，副高6人，中级、初级共8人；博士生导师1人，硕士生导师3人；具有博士学位2人，在职博士生6人，硕士学位6人；博士后2人，博士生、硕士生共35人，技术员工4人。

本所主要从事作物品质遗传育种，农产品优质资源的发掘与优质良种的选育，品质成分、品质化学与遗传改良，品质成分的分离提取及其外源诱导调控，品质基因的克隆、遗传转化（转基因）等研究与开发。承担国家自然科学基金、科技部、国家发改委、财政部、农业部以及福建省等有关农产品品质的项目12项。出版了《农产品品质学》、《水稻秸秆品质化学与遗传改良》、《台湾现代农业科技》、《台湾高考教育》等著作共6部。获国家技术发明奖二等奖、国家科技进步奖三等奖各1项（均为第1名）；培育出谷秆两用稻新品种，农业部等专家鉴定认为“开拓了水稻育种的新领域”，获2002年度福建省科学技术奖一等奖（第1名），2004年通过了福建省品种审定委员会的审定，2005年获农业部植物新品种权。申报发明专利5项。省级鉴定成果5项，项目总体达国际先进水平或国内领先水平（均为第1名）。